#NEXUS BEGIN DATA; DIMENSIONS NTAX=140 NCHAR=1140; [!Human D-loop mtDNA sequences, as supplied by Mark Stoneking 29 Oct 1991. Data matrix used in Vigilant et al. 1991. See that paper, as well as Templeton 1992, Hedges et al. 1992, and Maddison et al. 1992. Added to the data was the geographic character, as well as the 3 extra chimp sequences from Kocher and Wilson (1991). In adding these last three, the alignment used was basically that of Kocher and Wilson, with slight modifications to match Vigilant et al.'s alignment. Vigilant et al.'s alignment was modified by placing extra gaps after Anderson 738 & 740. The chimp alignment was modified slightly around Anderson 860 (with no impact on informative sites). For a description of the trees included in the file, see About Trees under the Tree menu. There are several inclusion sets (see Inclusion Sets under the Assume menu). These are: 1. geography only: includes only African/non-African origin of the individuals. 2. DNA only: with this set, all DNA sequence data is included. 3. all informative DNA: with this set, all DNA sequence data informative for a parsimony tree inference is included. 4. Maddison 92 1+2: the two hypervariable regions included in the analysis published in Maddison et al. 1992. This differs by one informative site from the analysis of Hedges et al. 1992 5. Maddison 92 1+2 inform: as preceding, but only the informative sites. 6. Hedges 92 1+2: the two hypervariable regions included in the analysis published in Hedges et al. 1992, and in the Note Added In Proof in Maddison et al. 1992. REFERENCES Hedges, S.B., S. Kumar, K. Tamura, and M. Stoneking. 1992. Science, 255:737-739. Kocher, T.D., and A.C. Wilson. 1991. Sequence evolution of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees: Control region and a protein-coding region. Pp. 391-413 in Evolution of life: Fossils, molecules and culture (S. Osawa and T. Honjo, eds.) Springer-Verlag, Tokyo. Maddison, D.R., M. Ruvolo, and D.L. Swofford. 1992. Geographic origins of human mitochondrial DNA: Phylogenetic evidence from control region sequences. Systematic Biology, 41:111-124. Templeton, A.R. 1992. Science, 255:737. Vigilant, L., M. Stoneking, H. Harpending, K. Hawkes, and A.C. Wilson. 1991. African populations and the evolution of human mitochondrial DNA. Science, 253:1503-1507. ] FORMAT DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=- MATCHCHAR=. INTERLEAVE ;OPTIONS IGNORE=UNINFORM ; CHARLABELS [1] 1. [2] 2. [3] 3. [4] 4. [5] 5. [6] 6. [7] 7. [8] 8. [9] 9. [10] 10. [11] 11. [12] 12. [13] 13. [14] 14. [15] 15. [16] 16. [17] 17. [18] 18. [19] 19. [20] 20. [21] 21. [22] 22. [23] 23. [24] 24. [25] 25. [26] 26. [27] 27. [28] 28. [29] 29. [30] 30. [31] 31. [32] 32. [33] 33. [34] 34. [35] 35. [36] 36. [37] 37. [38] 38. [39] 39. [40] 40. [41] 41. [42] 42. [43] 43. [44] 44. [45] 45. [46] 46. [47] 47. [48] 48. [49] 49. [50] 50. [51] 51. [52] 52. [53] 53. [54] 54. [55] 55. [56] 56. [57] 57. [58] 58. [59] 59. [60] 60. [61] 61. [62] 62. 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[1128] 1112. [1129] 1113. [1130] 1114. [1131] 1115. [1132] 1116. [1133] 1117. [1134] 1118. [1135] 1118a [1136] 1119. [1137] 1120. [1138] 1121. [1139] 1122. [1140] Geography ; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60] [ . . . . . .] 1. TTCTTTCATGGGGAAGCAGATTTGGGTACCACCCAAGTATTGACTCACCCATCAACAACC [60] 2. ............................................................ [60] 3. ............................................................ [60] 4. ............................................................ [60] 5. ............................................................ [60] 6. ............................................................ [60] 7. ............................................................ [60] 8. ............................................................ [60] 9. ............................................................ [60] 10. ............................................................ [60] 11. ............................................................ [60] 12. ............................................................ [60] 13. ............................................................ [60] 14. ............................................................ [60] 15. ............................................................ [60] 16. ............................................................ [60] 17. ............................................................ [60] 18. ............................................................ [60] 19. ............................................................ [60] 20. ............................................................ [60] 21. ............................................................ [60] 22. ............................................................ [60] 23. ............................................................ [60] 24. ............................................................ [60] 25. ............................................................ [60] 26. ............................................................ [60] 27. ............................................................ [60] 28. ............................................................ [60] 29. ............................................................ [60] 30. ............................................................ [60] 31. ............................................................ [60] 32. ............................................................ [60] 33. ............................................................ [60] 34. ?????????????????????????................................... [60] 35. ......................................................G..... [60] 36. ............................................................ [60] 37. ............................................................ [60] 38. ............................................................ [60] 39. ............................................................ 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[60] 124. ............................................................ [60] 125. ............................................................ [60] 126. ............................................................ [60] 127. ?????????................................................... [60] 128. ............................................................ [60] 129. ............................................................ [60] 130. ............................................................ [60] 131. ............................................................ [60] 132. ............................................................ [60] 133. ............................................................ [60] 134. ???......................................................... [60] 135. ............................................................ [60] chimp ..................A....A.........T.....C..G....TT...T.-..... [59] C_3 ..................A....A.........T.....C..G....TT...T.-..... [59] C_1 ..................A....AA........T........G..T.TT...T.-..... [59] C_2 ..................A....AA........T.....C..G....TT...T.-..... [59] P_1 ..................A....AA..G..............G....TT..CT.-T.... [59] [ 70 80 90 100 110 120] [ . . . . . .] 1. GCTATGTATCTCGTACATTACTGCCAGCCACCATGAATATTGTACAGTACCATAAATACT [120] 2. .............................................G.............. [120] 3. .........T.............T.................................... [120] 4. .........T...................................G.............. [120] 5. .........T...................................G.............. [120] 6. .........T...................................G.............. [120] 7. .........T.................................................. [120] 8. .........T.................................................. [120] 9. .........T.................................................. [120] 10. .........T.................................................. 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[120] 134. ........CT...................................G.............. [120] 135. .........T...................................G.............. [120] chimp .........T..............................C.............-TC..C [118] C_3 .........T..............................C.............-TC..C [118] C_1 .........T........................................T....TC... [119] C_2 .........T...................................G.........T...C [119] P_1 .........T...............................AC.T.....T....TC.T. [119] [ 130 140 150 160 170 180] [ . . . . . .] 1. TGACTACCTGTAGTACATAAAAACCCAACCC-ACATCAAAACCCTGCCCCCATGCTTACA [179] 2. ...............................-............................ [179] 3. ........................T......-.............A.............. [179] 4. ...............................-.............A.............. [179] 5. ...............................-.............A.............. [179] 6. ...............................-.............A.............. 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[239] 60. ...........................A................................ [239] 61. ...........................A................................ [239] 62. ...........................A.......................G.T...... [239] 63. ...........................A................................ [239] 64. ...........................A................................ [239] 65. ..........................CA................................ [237] 66. ..........................CA................................ [237] 67. ..........................CA................................ [238] 68. ..........................CA................................ [239] 69. ..........................CA................................ [239] 70. ..........................CA................................ [239] 71. ..........................CA................................ [239] 72. ..........................CA................................ [238] 73. ..........................CA................................ 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